1998年8月，根据国家烟草专卖局机构改革方案，正式成立中国烟草杂志社，杂志社机构编制是经中央机构编制委员会正式批准的。2003年按照中央宣传部门的决定，《中国烟草》杂志实行“管办分离”的管理体制，刊物明确由国家烟草专卖局主管，中国烟草杂志社主办。