山东中医药大学第二附属医院的前身是济南铁路中心医院，创建于1904年，是山东省首批、济南市第一家综合性甲等医院，2004年12月整建制移交山东中医药大学管理，成为山东中医药大学第二附属医院暨第二临床医学院。2007年9月，被山东省政府确定为山东省中西医结合医院，成为全省唯一的省级中西医结合医院。国际爱婴医院、国家中医药管理局“治未病”预防保健试点单位、国家中医药管理局批准纳入全国重点中西医结合医院建设单位。