南京医科大学继续教育的办学历史可追溯到1953年举办的全省临床医师培训班。六十多年来积极依托学校的学科、专业、师资等优势，立足江苏、服务行业，致力培养服务国家和江苏地方经济社会发展的复合型、应用型医学人才。 继续教育学院位于五台和江宁校区，作为学校继续教育事业的办学和管理机构，现有教职员工23名（含聘用人员）。下设学院办公室、教务办公室、自学考试、培训办公室和学生工作办公室等五个工作部门。