甘肃省农业科学院前身为甘肃省农业改进所,始建于1938年。中华人民共和国成立后,1952年成立甘肃省农业试验总场,1958年10月成立甘肃省农业科学院。2006年,经省政府批复,确定为省政府直属公益类事业单位,实行省财政一级预算。