福建省疾病预防控制中心成立于2003年7月，由福建省卫生防疫站、福建省结核病防治所、福建省健康教育所和福建省皮肤病防治院中性病麻风病社会防治科室合并组建而成福建省疾病预防控制中心，同时增挂福建省健康教育促进中心和福建省卫生检验中心两面牌子。2005年4月被确定为副厅级单位。