济南军区总医院前身是山东军区直属医院，1954年9月奉命与华东军区第二0陆军医院合编为“中国人民解放军第九0医院”。1956年2月，医院正式改组为“济南军区总医院”，隶属济南军区后勤部直接领导。之后随我军编制体制改革调整，其组织结构历经12次大的调整变化，不断前进发展，现已发展成集医、教、研、预防、保健于一体的超大型现代化综合性“甲等医院”。