哈尔滨市疾病预防控制中心成立于2003年，是由原哈尔滨市卫生防疫站、哈尔滨市职业病防治院、哈尔滨市地方病防治站和哈尔滨市健康教育所四家单位合并组建而成。是政府设置的实施疾病预防控制和公共卫生技术管理与服务的公益性事业单位，是全市疾病预防控制和卫生检验检测的技术指导与服务中心。