医院创办于1951年。先后更名为江西省康复医院、江西医科大学附属医院、吉安地区第二人民医院、吉安地区精神病院、吉安地区吉州医院。1991年医院由吉安市青原山搬迁至市区北郊真君山9号。2000年吉安撤地设市后，医院更名为吉安市第三人民医院。建院近六十年，医院历经几代人的艰辛努力，现发展成为一所集医疗、教学、科研、康复与预防为一体的专科医院。