福建医科大学口腔医学系成立于1984年，2000年10月改系建院。学院建立有从学士、硕士到博士的完整学位教育体系。 口腔基础教研室、牙体牙髓病学、牙周病学、儿童口腔医学、预防口腔医学、口腔黏膜病学、口腔颌面外科学、口腔修复学、口腔正畸学9个教研室及口腔医学实验教学中心和实验中心，有12个临床实习基地。