第二军医大学长征医院南京分院设有临床科室25个，医技科室15个，开展41个专业，14个实验室，8个诊疗中心：创伤急救中心、脑复苏中心、血液净化中心、听力康复和眩晕治疗中心、肝病中心、整形美容中心、口腔中心、体检中心。