北京中医药大学第三附属医院的前身是北京冶金医院，始建于1964年，1991年10月划归冶金工业部。是北京市定点中西医结合医院。北京足踝外科研究所、朝阳区肢体残疾治疗中心设在该院。2006年7月28日划转至北京中医药大学，9月15日更名为北京中医药大学第三附属医院。2007年7月27日成为北京中医药大学第三临床医学院。并相继成立中西医结合脑病科、中西医结合骨伤科，并成为国家中医药管理局重点建设专科。